In der Russischen Föderation arbeitet das ELM mit der Evangelisch-Lutherischen Kirche Ural, Sibirien und Ferner Osten (ELKUSFO) zusammen, die ihrerseits Gliedkirche der ELKRAS ist (Evangelisch-Lutherische Kirche in Russland, der Ukraine, in Kasachstan und Mittelasien).

Die erste lutherische Gemeinde auf russischem Gebiet wurde im Jahre 1576 in Moskau gegründet. Später brachten vor allem Einwanderer aus Deutschland den lutherischen Glauben ins Land. Die konstitutionellen Rechte der Evangelisch-Lutherischen Kirche im Russischen Reich wurden durch die Verabschiedung der Satzung von 1832 gesichert. Die Kirche gründete eigene Bildungseinrichtungen und Wohltätigkeitsverbände. Noch im Jahre 1924 wurde eine neue Kirchenordnung verabschiedet und vom sowjetischen Staat anerkannt.

Aber mit Beginn der Repressionen Ende der 20er und Anfang der 30er Jahre wurden ein Großteil der Kirchengebäude enteignet, Pastoren hingerichtet oder verbannt, zentrale Verwaltungsstrukturen konnten nicht mehr aufrecht erhalten werden. Fast alle Russlanddeutschen wurden nach Sibirien deportiert. Es entwickelte sich die charakteristische Frömmigkeit der Brüdergemeinden.

Der Wiederaufbau der Kirche begann erst im Jahre 1989. In den Jahren 1992 bis 1994 wurden Synoden im Europäischen Russland, Sibirien, der Ukraine, Kasachstan, Usbekistan und Kirgisien durchgeführt. Am 25. August 1999 bestätigte das Justizministerium der Russischen Föderation die Registrierung der ELKRAS gemäß dem Gesetz der Russischen Föderation vom 1. Oktober 1997 "Über Religionsfreiheit und religiöse Vereinigungen".

Die ELKUSFO besteht seit 1992, als die Synode in Omsk Nikolaus Schneider zum Superintendenten wählte. Noch 1993 wurden über 200 lutherische Gemeinden in Sibirien gezählt; eine große Zahl der Russlanddeutschen wanderte dann aber aus und ließ die Kirche zahlenmäßig stark schrumpfen.

Zentrum
Der Sitz der ELKUSFO befindet sich im Christuszentrum in der sibirischen Stadt Omsk, 644020, Roschdestwenskogo 2/1.
 
Synode
Oberstes Verfassung gebendes und entscheidendes Organ der ELKUSFO ist die regionale Synode, an deren Spitze derzeit Propst Sergej Fritzler als Präsident steht. Die ELKUSFO entsendet außerdem Vertreter in die Generalsynode der ELKRAS. 

Bischof
Geistliches Oberhaupt der ELKUSFO ist derzeit Bischof August Kruse. Im September 2009 wurde er ebenfalls zum Erzbischof der ELKRAS gewählt.
 
Gliederung
Zur Evangelisch-Lutherischen Kirche Ural, Sibirien und Ferner Osten gehören 156 Gemeinden und gemeindliche Gruppen. Sie werden von 9 Pastorinnen und Pastoren sowie 104 Predigerinnen und Predigern betreut. 

Das weitläufige Gebiet ist in vier Regionen unterteilt, die von Pröpsten geleitet werden, die in ihren Regionen jeweils Stellvertreter des Bischofs sind: 

• Ural: Propst Waldemar Jesse, Jekaterinburg
• Westsibirien: Propst Dieter Grimmsmann, Omsk
• Zentralsibirien: Propst Michael Fendler, Nowosibirsk
• Ferner Osten: Propst Manfred Brockmann, Wladiwostok 

 
Das ELM arbeitet schwerpunktmäßig in der Propstei Zentralsibirien mit.