Seit 1978 gibt es in Botsuana zwei lutherische Kirchen: Die Botsuana Diözese der Evangelisch-lutherischen Kirche im Südlichen Afrika (ELCSA-BD) und die Evangelisch-lutherische Kirche in Botsuana (ELCB). Die Gründung der ELCB hat zu einer Spaltung zwischen den Gemeinden geführt, die sich jeweils einer der beiden Kirchen angeschlossen hatten.

Das ELM hat zu beiden Kirchen den Kontakt gehalten, um eine mögliche Versöhnung zu fördern. Obwohl die Kirchen in den 80er Jahren Gespräche führten, scheiterten diese und wurden erst 2004 wieder aufgenommen. Zwei Jahre später wählten sowohl die ELCB als auch die ELCSA-BD jeweils einen neuen Bischof. Beide Bischöfe sind historisch nicht in diesen Konflikt verwickelt. Daraus ergeben sich neue Perspektiven zu einem Zusammenwachsen der beiden Seiten.

Im September 2007 fand anlässlich des 150jährigen Kommens der Hermannsburger Missionare zu den Batswana eine Gedenkfeier statt, die von der ELCSA-Western Diocese (ELCSA-WD), der ELCSA-BD und der ELCB gemeinsam gestaltet wurde.

In Botsuana entstand aus der Arbeit der Hermannsburger Mission das Bamalete Lutheran Hospital (BLH). Es wird von zwei lutherischen Kirchen mitgetragen: von der ELCSA-BD mit ca. 4.000 Mitgliedern und der ELCB mit ca. 20.000 Mitgliedern.